Temeljni kamen samostanske cerkve Marije Brezmadežne v materni hiši je 26. aprila 1885, na praznik varstva svetega Jožefa, blagoslovil knezoškof Jakob Maksimilijan Stepišnik. 4. oktobra 1885 je kanonik Franc Kosar blagoslovil križ na zvoniku in 5. oktobra so ga potegnili navzgor. 18. oktobra 1885 je knezoškof Jakob Maksimilijan Stepišnik posvetil tri zvonove, ki so jih po posvetitvi potegnili v zvonik. Prvič so zazvonili ob odhodu gospoda škofa iz samostana. Zvonik so po drugi svetovni vojni podrli.
8. septembra 1886, na praznik Marijinega rojstva, je bila posvetitev novo pozidane samostanske cerkve. Ob sedmih zjutraj je knezoškof Jakob Maksimilijan Stepišnik v stari hišni kapeli daroval sklepno mašo, po kateri se je začela posvetitev nove cerkve. Ob koncu je imel praznično pridigo z vsebino: Moja hiša je hiša molitve.
1. maja 1941 so sestre morale zapustiti materno hišo, saj so jim jo odvzeli nacisti, po vojni pa jo je nacionalizirala komunistična oblast.
Z denacionalizacijo sta bila cerkev in samostan vrnjena šolskim sestram. 6. marca 1996 je bil prevzem hiše na Strossmayerjevi 17, ki je bila v zelo slabem stanju in polna stanovalcev. V samostanski cerkvi so bile po vojni razne delavnice, gledališče, športna dvorana … Zadnja leta so jo stanovalci uporabljali za drvarnico in skladišče. Popravilo cerkve in hiše se je začelo leta 1997 in cerkev je bila leto kasneje obnovljena. Leta 2001 se je iz Gregorčičeve ulice 20 v hišo na Strossmayerjevi preselila skupnost sester. 23. novembra 2002 je bila v cerkvi po letu 1941 prva sveta maša in blagoslovitev materne hiše in cerkve. 12. septembra 2005 je bil posvečen oltar, ki sta ga izdelala gospod Branko Duh in gospod Aleš Vene.
Od decembra 2014 do maja 2015 so bila v cerkvi večja obnovitvena dela. Zahvalna maša za obnovo je bila 26. septembra 2015. 12. septembra 2021, ob 120. obletnici smrti naše ustanoviteljice matere Margarete Puhar (1818–1901), je bila v cerkvi odkrita spominska plošča v njen spomin.
